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miRNA 测序案例分析

点击次数：  更新时间：2016/3/1 11:54:11  

案例：通过深度测序分析乳腺癌中 microRNA 的序列和表达

背景： microRNAs 调控很多对肿瘤发生非常重要的基因。乳腺癌中很多 microRNAs 是下调的，但系统的乳腺癌中 microRNA 的表达分析还没有被报道。
 
目的： 利用 Illumina HiSeq2000 测序平台对不同类型乳腺癌组织和细胞进行测序，分析其 microRNAs 表达差异。
 
结果：通过对 11 个正常乳腺组织，17 个非转移组织，151 个转移组织，及 6 种乳腺癌相关细胞系测序分析发现，正常组织中 miR-21 是高表达的，发生转移的乳腺癌病人的乳腺组织中 mir-423 是上调的，三阴乳腺癌病人中 mir~17-92 是特异性上调的，但是这些变化并不显著。这些结果表明，基于 microRNAs 水平对乳腺癌类型进行区分及预测转移统计学上可能是可行的，但是乳腺癌类型及转移的差异并不是由于富集的 microRNAs 的下调驱动的，提示在乳腺癌的发展过程中起作用的 microRNAs 不多。
 
原文索引：
 
Farazi TA1, Horlings HM, Ten Hoeve JJ（2011）MicroRNA sequence and expression analysis in breast tumors by deep sequencing. Cancer research, 71(13), 4443-4453
 

图 1: 病人样品的 microRNAs 的聚类分析

 

图 2：microRNAs 与 mRNAs 的聚类分析的比较

 

 

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